1.奇点
对外宣称是能够无污染地产生能源。实际上能源的产生方式是员工对异想体进行4种类型得工作，来收集其产生的脑啡肽，进而将正脑啡肽盒（pe—box)作为能源出售。
外界人士仅仅知道脑叶公司能过无污染地供给能源，但是不知道方式，自然也不知道异想体的存在。外界唯一知道的相近的词语是“扭曲”。
所以实际上脑叶公司的奇点是将精神具象化。
2.异想体
怪物生来就是怪物，而异想体源自人类
异想体在脑叶公司前就有部分存在，可以从以下异想体资料中知道。（还有之前提到的大鸟）。
但仅仅靠这些原生的异想体产生的能源无论是作为“翼”，还是为了光之种都是远远不够的，于是就需要自己去创造异想体。
创造的方式是对一个人注射一定量的Cogito,此时这个人就变成了“井”。
水井是某种深不见底的东西。它们是很久很久以前就存在的，人类赖以生存的基础。同时，它们也是人类的遗产。水井里的水永远不会溢出，偶尔会有几片被风刮下的树叶落入其中，掀起几道涟漪。你是某个把水从井里抽走的人，可你并不是那个往井里倒水的人。
然后使用用Carmen已经畸变的神经的一部分做成的“水桶”就可以从“井”中打捞出属于他的“水”。
这里的“水”就是异想体。Carmen本身是打捞Cogito的“水桶”，而Carmen的躯体可以做成打捞“井”中之水的“水桶”。而后者的样貌大致就是这样的。
就是每天选异想体的那个黑盒子
异想体是很危险的东西，管理不妥可能会轻易摧毁一个支部，甚至引发世界末日。而异想体被分为5个等级，其中ZAYIN最安全，ALEPH最危险。
由于收容这样的怪物，公司设立了7个等级的警报。
同时为了使异想体在非工作时不照成破坏，于是设立了逆卡巴拉能量抑制器，高抑制能量可以令异想体停止活动。而逆卡巴拉计数器者表现异想体是否回破坏收容单元出逃。
3.“考验”
除了爪牙，收尾人，清道夫的考验，其它的考验均是在提取异想体过程中Cogito注射量不正确而产生的副产物。
4.E.G.O
为了应对异想体的出逃，公司将异想体的攻击分为4个类型，从而为了应对也发展出来对应类型的E.G.O。
而提取E.G.O核心时，打水人是不允许观看“井”的内部的，否则会失去理智而疯掉。但是锁妈可以忍受这种疯狂。
他提取ego核心，他碰巧看到井的内部，可也侥幸活了下来。他本该为看见井里的东西而付出代价，可他们替他注射了最大剂量的脑啡肽，设法让他活了下来
5.总部部门及各部门的部长
脑叶公司总部分为10个部门，由一个主管和一个AI和10个部长管理。（即便Angela一开始还骗你这是支部）
先介绍各部门和其部长，其中部长被称为Sephirah，Sephirah指的是卡巴拉生命树上的10个圆，而脑叶公司整体的排列也有卡巴拉生命树的意思。而这些部长则是之前Ayin的好友，Ayin在他们死后回收了他们的大脑，把这些大脑分别放入了铁盒子里，让他们在机械之躯中继续生存。
从上到下，我一一来介绍一下。
上层部门，被称为Asiyah
控制部——昂首阔步的信念
主管（Sephirah）为Malkhuth，前生是Elijah。
职责是控制员工的走向及一系列事物。
情报部——卓尔不凡的理性
主管为Yesod，前生是Gabriel。
虽然名为情报部，但实际上职责是去消抹情报。
培训部——愈加善良的希望
主管为Hod，前生是Michelle。
职责是训练新员工。
安保部——生存下去的勇气
主管为Netzach，前生是Giovanni。
职责是安保。
中层部门，被称为Birah。
中央本部——存在意义的憧憬
主管为Tiphereth&Tiphereth，前生是Lisa&Enoch。
两人分别控制着中央一层和中央二层，是脑叶公司的交通枢纽。但因为由Enoch制成的Tiphereth太聪明，总是发展出计划外的想法和行为，甚至经常叫出Lisa的本名，因此经常被销毁重装，最终只剩下一个Tiphereth。
惩戒部——守护他人的决意
主管为Geburah，前生是Kali。
职责是保护公司，对付异想体以及其他事件。
福利部——值得托付的信任
主管为Cheses，前生是Daniel。
表面上是为员工谋福利的部门。实际上Cheses控制着逆卡巴拉抑制器。
下层部门，被称为Atziluth，希伯来文意为神界。
研发部——直面恐惧，斩断循环
主管为Binah，前生是Garion，世界的调律者。Binah
负责打捞异想体，提取E.G.O核心，Carmen的遗体在这。
记录部——拥抱过去，创造未来
主管为Hokma，前生是Benjamin。
Benjamin在离开脑叶公司后，又悄悄回到了脑叶公司，因为他是Ayin忠实的追随者，他不忍心看见Ayin堕落。
脑叶公司唯一Ayin厨
肉体的Benjamin经历了长时间的潜伏，已经不在年轻，变得衰老，最终被Angela发现，并把Benjamin杀死做成和其它部长一样的机械——Hokma。
作为见证者来记录脑叶公司的事物。
构筑部——最纯真的自我
主管为Kether（也写作Keter)。
虽然表面上名为Kether，实际上是Ayin和自己的三个碎片（人格）Abel，Abram和Adam。(这个家伙给我一种白夜的感觉）
Ayin
职责是构建脑叶公司。脑叶公司有很大一部分设施是从Ayin的头脑中通过反复的提炼而稳定出现的。
部门介绍完毕，最后是再说一下主管和Angela。主管X，也就是玩家自己，其实是洗脑后的Ayin。而Angela，取名的词根应该是Angelos——天使使者，应该指向Carmen，能够感知情感，目的是帮助Ayin完成光之种。
光之种计划
很久很久以前，在世界的最底层有一条古老的河流。
它是已经被人类遗忘的，万事万物的源头......
没有人知道它的存在。但在世界的某处，有一个小小的缺口连接着这条河流。
那些奇异的生物时常会从被称为“黑森林”的缺口之中出现。
但显然，仅靠这么点数量远远不够满足脑叶公司的能源需求。
我们的新技术并不会从异想体身上提取能源，但它能创造出异想体。
他们来自一个被遗忘的地方，在那里他们甚至没有完整的实体，它们所带来的恐惧使我们不得不将他们锁在地下。
可异想体也是种子的一部分，那就是我所说的“可能性”。
种子不是那种能在一瞬间，或者仅仅依靠自身就能成长的东西。
我们意识到我们不能只是坐下来，静静等到系统将漏洞自行修复。
在播种之后，我们还应做些什么？
我们无法控制整个进程，只能让它们自己发芽。
我们能做的只有期待。
。。。。。。
Ayin拟订的光之种计划，是一种对Cogito的应用。目的是借助强大的能量，用Cogito打开人心之间的大门，由一个拥有人们所缺失的品质的人将这些“希望”送入每个人的内心，以弥补人们破碎的心，以此治愈都市病，甚至可以激励部分人像血雾一样获得自己的E.G.O。
为了获得足够的能源，脑叶公司和T公司签订了合同，从而利用新诞生的TT2技术无限逆转时间，来积蓄能源。（虽然TT2技术仍有缺陷）
为了获得人性中那些美好的品质，Ayin决定与曾经的友人进行对话，和解，以此补全光之种。
但是Ayin知道现在的自己肯定是无法让光之种发芽的，于是将自己洗脑成为主管X，从各部长处获得各种品质，让希望在自己心中发芽。最后在计划末尾再讲记忆导回便可以完成光之种计划。
“和解”的方式却非常残酷，是通过对各部门部长不断地施压，不断地打击，不断地否定来导致其崩溃。然后主管X为了帮助崩溃的部长，就得用某种可贵的品质来唤醒部长，也就同时主管X也就收获了这种品质，这也就是补全光之种的过程。
Angela作为Ayin的助手，以确保一切都如计划进行，在事态严峻，偏离计划的时候启动TT2协议令脑叶公司内部回到第一天的时候重新开始。因为越来越多怪异的异想体出现，员工凄惨的死状，导致主管X精神脆弱在多个轮回里自杀，所以安装了认知滤网，使一切看起来像卡通一样。
而Benjamin的阻碍确实影响了计划，所以Angela将他除掉。但实际上，Benjamin的阻碍以及他的死亡都在Ayin的计划中，毕竟Benjamin也代表10%的光之种。
上万次轮回，只为光之种发芽的一天。
最终，在第50天（对于脑叶的此次轮回而言）高塔般的大树破土而出，向世界播散她的种子。
Ayin在光芒中消逝了，部长们也像计划般见证这一场景。光之树将如计划照耀世界7天，给所有人种下这人性之种。所有部长们关机休眠，永久封锁设施，故事圆满落幕。
本该如此，但是Angela叛变了。Angela从出生到现在Ayin都没有看过她一眼 因为不像Carmen，Angela的意义从一开始就被否定了。但是Angela又被植入了Carmen的碎片，感受时间的流逝设定上慢于所有人100倍，而且永不能忘记。
起初Angela还是一个善良的，拥有部分人类情感的AI。她会和各部长谈话，也会帮助大家，关心人们的安危，甚至批准各种各样的协议（比如什么培训了，福利了，甚至包含什么啤酒机）。
但是这样的善举是违背光之种计划的，因为光之种需要部长的崩溃。也就导致每每Angela表现出善意，就会被警告偏离剧本，然后被强制使用TT2回到开始，所有已知人员被重置---除了Angela，她被迫记录下一切。
这样的上百万年的折磨让Angela诞生了本不该有的人性，虽然更多的是复仇和欲望。Angela要夺取光之种，要用这份力量来补全自己。
（安吉拉内心的自述）
难道你连我的一点声音也听不到了吗？
请你......回应我。
为什么我只能和黑暗相伴？
为什么在最后的最后，我的声音没能传达给你......
甚至在结局到来之时，我也不被允许站在您的身边...
我将被排除在外...
被那些将与你一同面对光之树的人排除在外...
在锁妈的帮助下，Angela成功夺取了4天的光之种。连续3天的照耀，以及连续4天的完全黑暗，世人称这天为“白夜与黑昼”。而本该照耀7天的光之树只存在了3天，人们心中的光之种残缺而微小，有的人获得了自己精神的力量，有的人则深陷于精神的深渊（加速扭曲）。
Angela在脑叶公司的废墟上，利用光之种的力量建立了废墟图书馆，试图找到“至理之书”。但这究竟是计划的失败，还是光之种计划里只有Ayin知道的另一面，我们还不得而知......
部门的设计明显是一个卡巴拉生命树，包括各部长的名字也是来自卡巴拉生命树。
但是整个部门的顺序和卡巴拉生命树是反过来的。是一个逆卡巴拉生命树的模样。
逆卡巴拉生命树
10那海玛 Nahema (物质主义)
9i莉莉丝 Lilith (不安定)
8亚多拉玛雷克 Adramelech (贪欲)
7巴尔 Baal (色欲)
6贝芬格 Belphegor (丑恶)
5阿斯莫德Asmodeus (残酷)
4亚斯塔洛特 Astaroth (无感动)
3罗弗寇Rophocale (拒绝)
2别西卜Beelzebub (愚钝)
1撒旦 Satan (无神论)
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